إقليم جزر القمر (بالفرنسية: Territoire des Comores) هو إقليم ما وراء البحار الفرنسي سابق كان يتألف من الجزر الأربع الرئيسية في أرخبيل جزر القمر وهي القمر الكبرى وموهيلي وأنجوان ومايوت. وقد وُجد هذا الكيان بين عامي 1946 و1975. وكان جزءاً من الاتحاد الفرنسي في ظل الجمهورية الفرنسية الرابعة، ثم أصبح جزءاً من الجماعة الفرنسية التي أُنشئت بموجب دستور الجمهورية الفرنسية الخامسة عام 1958.
وفي عام 1975، عقب استفتاء حول الاستقلال، قُسّم الإقليم؛ إذ أصبحت جزر القمر الكبرى وموهيلي وأنجوان دولة مستقلة تحت اسم دولة جزر القمر، بينما صوتت مايوت للبقاء تحت السيادة الفرنسية كإقليم فرنسي لما وراء البحار، ثم أصبحت لاحقاً القسم الفرنسي رقم 101 عام 2011.