تؤكد إدارة النفايات في اليابان اليوم على الجمع الفعال والصحي للنفايات، وأيضًا على تقليل النفايات المنتجة وإعادة تدوير النفايات عندما يكون ذلك ممكنًا. تأثر ذلك بتاريخها، ولا سيما فترات التوسع الاقتصادي الكبير، فضلًا عن جغرافيتها كدولة جبلية ذات مساحة محدودة لمدافن النفايات.
تشمل الأشكال المهمة للتخلص من النفايات: الترميد وإعادة التدوير، وبدرجة أقل، مدافن النفايات واستصلاح الأراضي. هناك حاجة لإحراز المزيد من التقدم في تقليل الاعتماد على المحارق والقمامة المرسلة إلى مدافن النفايات، على الرغم من بدء اليابان بتنفيذ عملية تقليل النفايات المنتجة وتشجيع إعادة التدوير منذ تسعينيات القرن العشرين. كما توجد تحديات في معالجة النفايات الإلكترونية والحطام المتبقي بعد الكوارث الطبيعية.