تشير أعلام الولايات المتحدة الإندونيسية إلى أعلام الدولة التي استُخدمت رموزاً رسمية للولايات المتحدة الإندونيسية (تُعرف اختصاراً بـ RIS)، وهي الدولة التي سبقت قيام جمهورية إندونيسيا الحالية. ظل علم "بنديرا بوساكا" (العلم التراثي) الذي رُفع أثناء إعلان استقلال إندونيسيا في 17 أغسطس 1945 هو العلم الرسمي للولايات المتحدة الإندونيسية بعد نقل السيادة في 27 ديسمبر 1949، وقد نُص على ذلك في الدستور الاتحادي لعام 1949.