عدم التوافق الجندري هو الحالة التي تكون فيها الهوية الجندرية للفرد غير متطابقة مع الجنس المحدد له عند الولادة. يعاني هذه الحالة الأشخاص الذين يُعرّفون أنفسهم بأنهم متحولون جندريًا أو متحولون جنسيًا، وغالبًا ما تؤدي إلى الإصابة باضطراب الهوية الجندرية. دُرست أسباب عدم التوافق الجندري على مدى عقود.
تشير الدراسات المتعلقة بأدمغة المتحولين جندريًا، لا سيما تلك الخاصة بالنساء المتحولات المنجذبات إلى النساء (جينيفليا)، وكذلك الرجال المتحولين المنجذبين إلى الرجال (أندروفيليا)، إلى محدودية في البيانات نظرًا إلى قلة عدد الأفراد الذين خضعوا للاختبارات. تُظهر دراسات التوائم أن للعوامل الجينية دورًا في عدم التوافق الجندري، مع أن الجينات الدقيقة المتورطة في ذلك غير معروفة أو غير مفهومة جيدًا.
وبُحثت العوامل البيئية، مثل التعرض الهرموني قبل الولادة، غير أن اختبارها يُعد أمرًا صعبًا.