آثار إندونيسيا هي دراسة لعلم الآثار في الأرخبيل الذي يشكل اليوم دولة إندونيسيا، ويمتد من عصور ما قبل التاريخ إلى ما يقرب من ألفي سنة من التاريخ الموثق. كان الأرخبيل الإندونيسي القديم جسرًا جغرافيًا بحريًا بين المراكز السياسية والثقافية في الهند القديمة والصين الإمبراطورية، وهو بارز كجزء من طريق الحرير البحري القديم.
تشكلت أول مؤسسة حكومية لعلم الآثار رسميًا في عام 1913 مع إنشاء أودهيدكونديغ دينست في الهند الهولندية (الخدمة الأثرية في جزر الهند الشرقية الهولندية) تحت إشراف البروفيسور دكتور ن. ج. كروم. اليوم المؤسسة الوطنية للآثار في إندونيسيا هي المركز الوطني للآثار.